石正丽团队对新冠病毒的来源报告有更新！

2020年2月3日，NATURE杂志加速评审了来自中科院武汉病毒所石正丽研究员的新冠病毒可能的来源研究报告，初步揭示了蝙蝠作为新型冠状病毒的宿主来源以及血管紧张素转换酶II（ACE2）作为其进入细胞的受体（相关研究请参考https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7）。

石正丽团队在文中指出，中华菊头蝠是SARS-CoV 2的自然宿主，而目前分离到的COVID-19非常可能来源于蝙蝠的SARS-like重组病毒。而经宏基因组测序后，石正丽发现，目前流行的COVID-19复制酶的序列和他们实验室之前在蝙蝠里分离到的一个蝙蝠冠状病毒毒株RaTG13相似度非常高，整体基因组相似度高达96.2%。但与受体结合的S基因部分与其他常见SARS-like冠状病毒的差别非常的大。带着这个疑问，石正丽团队随后针对S基因设计了特异性引物，进行RT-qPCR检测，发现这几个患者的早期样本（肺泡灌洗液和咽拭子）都能检测到，但是在后期，无论是咽拭子、肛拭子还是血液都检测不到了，进而推测病毒是呼吸道传播的（但不排除其他途径）。文中石正丽团队肯定了COVID-19的来源应该是和实验室分离株RaTG13属于同一个类群，只是在不经意间突破了种属屏障，并最终感染了人。但是，对RaTG13的详细来源却没有在文章中体现。

在2012年7月1日至10月1日之间，石正丽团队从4例严重呼吸道疾病患者（其中一位已故）中收集了13份血清样本。这些患者在2012年4月26日至27日接受昆明医学院第一附属医院治疗之前，曾进入过中国云南省墨江县通关镇的一个矿洞，以清理蝙蝠粪便以开采铜。石正丽团队收到的样本是在2012年6月，7月，8月和9月由医院工作人员收集的。为调查呼吸系统疾病的原因，石正丽团队使用了自己实验室针对RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）开发的PCR方法对样本进行了测试。结果显示，埃博拉病毒，尼帕病毒和蝙蝠SARSr-CoVRp3的所有样本均呈阴性。除此之外，团队还测试了血清样品中是否存在针对这三种病毒的核衣壳蛋白的抗体，同样结果里没有一个样品显示阳性。就在近期，研究团队用自己实验室开发的酶联免疫吸附试验（ELISA）测试了对这种新型SARS冠状病毒2（SARS-CoV-2）核衣壳蛋白（该蛋白与蝙蝠SARSr-CoV Rp3的氨基酸序列同一性超过90％）的反应情况，结果确认这些患者未感染SARS-CoV-2。

至此，石正丽团队怀疑患者是被未知病毒感染。因此，科研团队和其他小组一同在洞穴内及其周围对包括蝙蝠，大鼠和麝香在内的动物进行了采样，发现了一些甲型冠状病毒和副粘病毒。在2012年至2015年之间，石正丽的研究小组每年在这个洞穴中对蝙蝠进行一到两次的采样，共收集了1,322个样本。从这些样品中，团队共检测到293种高度多样性的冠状病毒，根据部分RdRp序列将其中的284种命名为α冠状病毒，将9种命名为β冠状病毒。而这9种β冠状病毒全部是SARSr-CoV，其中一种（样本ID4991；在我们的文章中更名为RaTG13以反映蝙蝠的种类、位置和采样年份）在2016年的文章中进行了描述（请参考Ge, X. Y. et al.Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandonedmineshaft. Virol. Sin. 31, 31–40 (2016).）。ID4991的部分RdRp序列（370 bp）于2016年上传在GenBank中，登录号为KP876546。基于部分RdRp序列，所有鉴定出的蝙蝠SARSr-CoV都与SARS-CoV远距离相关。2018年，随着实验室中下一代测序技术和能力的提高，我们对这些蝙蝠病毒进行了进一步测序，并获得了RaTG13的几乎全长基因组序列（无5'和3'端）。在2020年，我们将SARS-CoV-2序列与未发表的蝙蝠冠状病毒序列进行了比较，发现它与RaTG13具有96.2％的同一性。